Không nói ra thì có lẽ ai cũng biết rằng phương pháp là phần quan trọng nhất của một bài báo khoa học. Phần này quan trọng là vì gần 70% các bài báo bị từ chối công bố là do khiếm khuyết hay cách mô tả phần phương pháp. Nếu ví von phần kết quả là trái tim, phần bàn luận là bộ não, thì phương pháp là tay chân và xương của bài báo; xương có vững thì bài báo mới đứng vững được. Do đó, cần phải quan tâm đúng mức đến cách viết phần phương pháp nghiên cứu. 

Trong các phần của một bài báo khoa học, phần phương pháp có lẽ là dễ viết nhất. Lí do đơn giản là trước khi một nghiên cứu được thực hiện, hầu hết những chi tiết về thiết kế, chọn đối tượng, đo lường, và phân tích đều đã được trình bày trong một đề cương. Do đó, khi soạn bài báo khoa học, tác giả chỉ cần lấy những chi tiết trong đề cương để chỉnh sửa cho phù hợp với tình hình thực tế. Dĩ nhiên, vẫn phải có thêm các chi tiết phát sinh trong quá trình làm nghiên cứu, và nhất là phần phân tích dữ liệu thì cần phải bổ sung cho từng bài báo riêng lẻ.

I.  Bốn nguyên tắc viết phần phương pháp

Khi viết phần phương pháp, tác giả cần phải biết đến 4

 nguyên tắc chính như sau:

Nguyên tắc 1: Hợp lí nội tại và ngoại tại

Hai khía cạnh quan trọng nhất của một nghiên cứu khoa học là tính hợp lí nội tại (internal validity) và hợp lí ngoại tại (external validity). Một cách ngắn gọn, hợp lí nội tại đề cập đến các phương pháp đo lường sử dụng trong nghiên cứu. Phương pháp đo lường có độ chính xác (accuracy) và độ tin cậy cao (reliability) là yếu tố cần thiết để nâng cao giá trị khoa học của một nghiên cứu. Hợp lí ngoại tại (còn gọi là khái quát hoá) thường đề cập đến các tiêu chuẩn tuyển chọn đối tượng cho nghiên cứu. Những đặc điểm của đối tượng nghiên cứu có liên quan đến tính khái quát hóa của kết quả nghiên cứu cho một quần thể lớn hơn. Tuy nhiên, trong thực tế hợp lí nội tại quan trọng hơn hợp lí ngoại tại. Nếu một nghiên cứu thiếu tính hợp lí nội tại thì kết quả cũng không có ý nghĩa hợp lí ngoại tại. Đảm bảo tính hợp lí nội tại là rất quan trọng trong bất cứ công trình nghiên cứu y học nào.

Nguyên tắc 2: Đảm bảo tái lập 

Một khía cạnh khác phân biệt khoa học thật với khoa học dỏm là tính tái lập (reproducibility). Nếu một nghiên cứu độc lập dùng phương pháp và đối tượng của một nghiên cứu trước thì kết quả cũng sẽ giống nhau; nếu kết quả không giống nhau, thì nghiên cứu trước có thể có vấn đề. Nhưng một vấn nạn ngày nay là có quá nhiều nghiên cứu không mang tính tái lập, và do đó khoa học tính trở thành một câu hỏi lớn đối với khoa học hiện đại. Điều này có ý nghĩa lớn đến cách viết phần phương pháp. Nói cách khác, tác giả phải mô tả phần phương pháp vừa đủ chi tiết sao cho người khác có thể lặp lại qui trình để có cùng kết quả.

Nguyên tắc 3: Chứng cứ 

Văn chương khoa học là văn chương chứng cứ. Đối với phần phương pháp, điều này có nghĩa là các phương pháp chưa phổ biến hay những biến số mới cần phải kèm theo tài liệu tham khảo. Một số phương pháp phân tích thống kê tương đối mới (ví dụ như bootstrap, phương pháp Bayesian Model Averaging) cần phải có tài liệu tham khảo gốc để độc giả có thể tham khảo, nếu cần thiết. Chứng cứ ở đây có khi còn có nghĩa là tác giả phải cung cấp những mã máy tính để người khác có thể lặp lại phân tích trong bài báo khoa học.

Nguyên tắc 3: Chính xác 

Về văn phong trong phần phương pháp, cũng như các phần khác là chính xác, ngắn gọn, và trong sáng. Chẳng hạn như khi mô tả phương pháp phân tích dữ liệu, tác giả phải nói rõ biến phụ thuộc là gì, biến tiên lượng và biến nhiễu là gì, cùng những thao tác trước khi đưa vào mô hình phân tích (như hoán chuyển dữ liệu, xử lí giá trị trống). Phần phương pháp phải cung cấp một cách chi tiết những gì tác giả đã làm và làm như thế nào trong công trình nghiên cứu.  Ở đây, tác giả phải cẩn thận quân bình giữa hai nhu cầu: súc tích (vì không thể mô tả tất cả các kĩ thuật với những chi tiết chi li) và đầy đủ (tác giả phải trình bày đầy đủ thông tin sao cho người đọc biết được những gì đã làm).  Đạt được sự cân đối giữa súc tích và đầy đủ là một thách thức của người viết, và có thể của cả biên tập và nhà xuất bản.

Có thể bài báo đề ra một phương pháp mới, và trong trường hợp đó, tác giả cần phải chú ý những tên gọi (và ý tưởng) xuất hiện nhiều lần trong bài báo.  Tác giả nên suy nghĩ kĩ về những tên gọi này: phải dùng chữ ngắn gọn mà dễ hiểu.  Nên gọi phương pháp điều trị là gì?  Phải sử dụng từ gì để mô tả chỉ tiêu của nghiên cứu?  Kinh nghiệm người viết bài này cho thấy trước khi viết cần phải liệt kê ra danh sách những từ hay sử dụng trong bài báo.  Không có gì lẫn lộn và khó chịu người đọc hơn là dùng nhiều từ khác nhau để gọi một hiện tượng!

II.  Viết gì trong phần phương pháp?

Trong phần phương pháp, tác giả phải trả lời cho được câu hỏi tác giả đã làm gì - What did you do?  Để trả lời câu hỏi này, tác giả phải cung cấp các thông tin thiết yếu sau đây (tôi tập trung vào các nghiên cứu lâm sàng trong y khoa):

·       Mô hình nghiên cứu (study design), địa điểm, và thời gian 

·       Qui trình nghiên cứu

·       Đối tượng nghiên cứu (participants)

·       Phương pháp thu thập dữ liệu

·       Định nghĩa biến outcome và các biến phân tích

·       Cỡ mẫu

·       Phân tích dữ liệu