Ngày 1/8/2013, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đã kí quyết định số 2797/QĐ-BGĐT cho phép Trường Đại học Nha Trang đào tạo thạc sỹ Công nghệ sinh học. Chương trình đào tạo được thiết kế theo định hướng ứng dụng, trong đó chú trọng cả đào tạo kiến thức và kỹ năng hoạt động nghề nghiệp, đặt trọng tâm vào Công nghệ sinh học biển với 2 chuyên ngành mũi nhọn là Công nghệ sinh học thực phẩm - thủy sản và Công nghệ sinh học y dược – thú y. Chương trình được giảng dạy và hướng dẫn luận văn khoa học bởi đội ngũ giảng viên cơ hữu (GS, PGS, TS) của Trường Đại học Nha Trang  cũng như bởi các nhà khoa học uy tín tại các cơ sở nghiên cứu và ứng dụng tại Nha Trang và TP Hồ Chí Minh.

Sau khi tốt nghiệp, các thạc sỹ Công nghệ sinh học có đủ năng lực tổ chức và điều hành phân xưởng sản xuất các sản phẩm công nghệ sinh học tại các doanh nghiệp thủy sản, thực phẩm, y dược, thú y; xây dựng và cải tiến quy trình kỹ thuật sản xuất các sản phẩm công nghệ sinh học; quản lý phòng thí nghiệm, phòng nghiên cứu triển khai (R & D), phòng kiểm tra chất lượng tại các cơ sở nghiên cứu và sản xuất các sản phẩm công nghệ sinh học; cũng như xây dựng chính sách và quản lý tại các cơ quan quản lý Nhà nước có liên quan đến lĩnh vực Công nghệ sinh học ứng dụng.

Chi tiết về chương trình xem tại đây.