Chương trình đào tạo tiến sĩ ngành Công nghệ chế biến thủy sản bắt đầu được phép đào tạo từ năm 1988, là một trong 4 ngành đào tạo tiến sĩ đầu tiên của Trường Đại học Thủy sản lúc đó (nay là Trường Đại học Nha Trang). Năm 1992, ngành đào tạo có tên Công nghệ chế biến sản phẩm từ thịt và cá, đến năm 2003 đổi lại tên thành Công nghệ chế biến thủy sản. Chương trình đào tạo tiến sĩ ngành Công nghệ chế biến thủy sản dành cho những người có trình độ thạc sĩ các ngành Công nghệ Chế biến thủy sản, Công nghệ thực phẩm, Chế biến lương thực, thực phẩm và đồ uống, Công nghệ sau thu hoạch, Công nghệ thực phẩm và đồ uống và các ngành gần khác (như Công nghệ sinh học thực phẩm, Hóa thực phẩm, Công nghệ sinh học, Hóa sinh học, Công nghệ hóa học …); hoặc có trình độ đại học nhóm ngành Chế biến lương thực, thực phẩm và đồ uống (Công nghệ chế biến thủy sản, Công nghệ thực phẩm, hoặc Công nghệ sau thu hoạch), có nhu cầu nâng cao kiến thức và kỹ năng chuyên sâu của ngành Công nghệ chế biến thủy sản về (1) Sử dụng hiệu quả nguồn tài nguyên thủy sản và (2) Phát triển công nghệ chế biến thủy sản theo hướng hiện đại và bền vững.; nhằm phục vụ cho nghiên cứu, giảng dạy và các công việc khác thuộc lĩnh vực công nghệ chế biến thủy sản. Đào tạo tiến sĩ ngành Công nghệ chế biến thủy sản có trình độ chuyên môn cao và sâu; có tư duy khoa học, có khả năng phát hiện và giải quyết vấn đề mới có ý nghĩa về khoa học, công nghệ trong lĩnh vực công nghệ chế biến thủy sản; có khả năng độc lập nghiên cứu và lãnh đạo nhóm nghiên cứu các lĩnh vực thuộc chuyên ngành; có khả năng giới thiệu, thuyết  trình các ý tưởng và nội dung khoa học; có khả năng đào tạo đại học và sau đại học, hướng dẫn nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực chế biến thủy sản.