Chương trình đào tạo tiến sĩ Khai thác thủy sản dành cho những người đã tốt nghiệp thạc sĩ thuộc ngành Khai thác thủy sản, Công nghệ khai thác thủy sản, Kỹ thuật khai thác thuỷ sản hoặc đại học thuộc nhóm ngành Khai thác thủy sản (Khai thác hàng hải, Hàng hải khai thác, Khai thác hàng hải thủy sản) và các nhóm ngành gần có nhu cầu nâng cao kiến thức, kỹ năng nghiên cứu, năng lực về lý luận và thực tiễn  để giải quyết các vấn đề khai thác thủy sản, quản lý khai thác thủy sản, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản.